病毒可以借助几种显微镜技术进行研究。根据显微镜的放大倍数和分辨率，可以在组织水平、细胞水平或病毒粒子水平进行观察（图1）。通常，病毒粒子本身只能通过电子显微镜或超分辨显微镜来分辨。在细胞水平上，病毒大多借助先进的宽场荧光或共焦显微镜进行观察。在组织中，明场显微镜或基本的宽场荧光显微镜足以用于病毒研究。但是显微技术的鉴别并不是严格的。

徕卡的THUNDER实时成像可以帮助提高背景信号比，减少离焦模糊。相关的对比度增强可以揭示显微图像中的附加信息。